A Secretaria de Estado dos Transportes Metropolitanos – STM criada pela Lei Estadual nº 7.450, de 16 de julho de 1991 e organizada pelo Decreto Estadual nº 34.184, de 18 de novembro de 1991.

Estão vinculadas à STM a Companhia Paulista de Trens Metropolitanos – CPTM, a Empresa Metropolitana de Transportes Urbanos - EMTU/SP e a Companhia do Metropolitano de São Paulo - METRÔ.  Desde 1º de janeiro de 2011, a Estrada de Ferro Campos do Jordão - EFCJ foi integrada à STM, por meio do Decreto Estadual nº 56.635. 

Além do sistema metroferroviário, a Secretaria dos Transportes Metropolitanos, por meio da EMTU,  é responsável pela infraestrutura de transporte urbano metropolitano de passageiros nas seis regiões metropolitanas do Estado de São Paulo: São Paulo (RMSP),  Baixada Santista (RMBS),  Campinas (RMC), Região Metropolitana do Vale do Paraíba e Litoral Norte (RMVPLN), Região Metropolitana de Sorocaba (RMS) e Região Metropolitana de Ribeirão Preto (RMRP).